生命科學廳---以演化的概念介紹大自然中存在的奧妙為總主題,有13個展示單元。本廳亦展示古埃及文化重要蒐藏—木乃伊,展示男性木乃伊及人型棺柩。人類文化廳---本區以世界文化、中國的科學文明及大洋洲為總主題,涵括中國醫藥、中國的科學與技術、農業生態、古代的中國人、漢人的心靈生活、大洋洲及台灣南島語族等七大主題。地球環境廳---本區設計以地球的環境與能源為主,有微觀世界、芸芸眾生、台灣自然生態及礦物等四大展示區,以及提供教學的劇場教室。 科學中心---鼓勵觀眾動手操作並主動參與,藉科學性、挑戰性、娛樂性及探索性之展示及活動,發揮博物館的教育功能。本區包括科學探索、積體電路的世界、天文展示、物質世界等展示區,以及幼兒科學園(戶外有活動區)。