昆沙宮已有四百多年的歷史,按鄭氏時期,土墼埕保是今之地方法院、電力公司、監獄及南區石橋、昆沙、小西等里一帶,原屬萬年州(鳳山縣)有廟宇三座。據台灣府志寺觀(宮廟)篇記:「慈濟宮在鳳山縣者,一在安平鎮(今之本市安平區康熙年間亦屬鳳山縣)、一在土墼埕」。關帝廟在鳳山縣者,一在安平鎮、一在土罊埕。昆沙宮在鳳山縣土墼埕」。前者慈濟宮及關帝廟均在雍正年間前後廢毀。僅存昆沙宮為當時鳳山縣土罄埕保唯一之廟宇。
本宮廟址原先建於前清軍裝局(道台及府台軍裝倉庫),座東向西,正面臨海,據續修台灣縣志城池篇記載:「自小北門東旋至南小門止,盡植刺竹,西面衝海波不植竹,建大砲台二座,北砲台一座在小北門口臨海,南砲台一座在今之小西門前臨海」。光緒廿一年日本佔台,將前清之軍裝局改為刑務所,兩年後日本政府徵收廟址,逐被折除建築刑務所宿舍,今之看守所前至監獄大門口前面宿舍一帶皆是也。

從此被迫遷入現址。購買舊式民房之材料,暫建公厝以祀本神。直至民國十九年,因震災崩塌而重建,光復後於民國卅六年重修,同年舉行遷建後首次祈安清蘸。經卅十餘年歲月,因大殿歲時侵入,棟樑朽壞,雨漏壁林,丹粉陳暗,復格局狹隘,思更新而式廓,經管理委員會屢次開會集議,在民國六十八年拆除,即行動工興建,歷時八載,於民國七十六年完成,使本廟凌駕舊日之壯觀,廟貌堂皇,氣象煥然一新,香火鼎盛。其中在下太子昆沙宮有一對剪黏是聘請廣東汕頭何金龍先生來台製剪黏。

農曆九月九日為中壇元帥 ( 太子爺公 ) 誕辰日,屆時會有熱鬧的慶典活動,竭誠歡迎十方信眾前往昆沙宮參拜,祈福保平安。